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InSilicoSpectro::Databanks parsing protein/nucleotides sequence databanks (fasta, uniprot...)	InSilicoSpectro::Databanks::DBEntry	InSilicoSpectro::Databanks::DBEntryUniprot Uniprot formated entry
InSilicoSpectro::InSilico::AASequence Elementary protein sequence.	InSilicoSpectro::InSilico::CleavEnzyme	InSilicoSpectro::InSilico::ExpCalibrator Calibrates a RetentionTimer predictor based on experimental data
InSilicoSpectro::InSilico::InternIonSeries	InSilicoSpectro::InSilico::IonSeries	InSilicoSpectro::InSilico::IsoelPoint A class for peptide isoelectric point (pI) prediction
InSilicoSpectro::InSilico::MassCalculator	InSilicoSpectro::InSilico::ModRes	InSilicoSpectro::InSilico::MSMSOutput
InSilicoSpectro::InSilico::MSMSTheoSpectrum	InSilicoSpectro::InSilico::Peptide A class for digestion products	InSilicoSpectro::InSilico::PMFMatch
InSilicoSpectro::InSilico::RetentionTimer A base class for implementing a peptide retention time predictor	InSilicoSpectro::InSilico::RetentionTimer::Hodges	InSilicoSpectro::InSilico::RetentionTimer::Petritis
InSilicoSpectro::InSilico::Sequence Elementary sequence object	InSilicoSpectro::InSilico::TermIonSeries	InSilicoSpectro::Spectra::ExpSpectrum A class for representing spectra.
InSilicoSpectro::Spectra::Filter::MSFilter	InSilicoSpectro::Spectra::Filter::MSFilterAlgorithm	InSilicoSpectro::Spectra::Filter::MSFilterCollection
InSilicoSpectro::Spectra::Filter::MSFilterDirectValue	InSilicoSpectro::Spectra::MSMSCmpd	InSilicoSpectro::Spectra::MSMSSpectra
InSilicoSpectro::Spectra::MSRun	InSilicoSpectro::Spectra::MSSpectra	InSilicoSpectro::Spectra::PeakDescriptor Description of peak properties
InSilicoSpectro::Spectra::PhenyxPeakDescriptor	InSilicoSpectro::Utils::FileCached	InSilicoSpectro::Utils::Files
InSilicoSpectro::Utils::io	InSilicoSpectro::Utils::XML::SaxIndexMaker

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